La trama se centra en un adolescente de diecisiete años llamado Shin'ichi Izumi, quien vive con sus padres en un barrio tranquilo de  Tokio. Una noche, criaturas similares a gusanos llamados "parásitos" aparecen en la Tierra, haciendo huésped a los humanos al invadir sus cerebros entrando a través de los oídos, la nariz, etc. Uno de estos parásitos intenta entrar por el oído de Shin'ichi mientras duerme, pero no tiene éxito ya que este está usando auriculares, por lo que decide otro camino para entrar en su cuerpo y alcanzar el cerebro: su brazo derecho. Debido a que Shin'ichi pudo evitar que este parásito llegara su cerebro, este queda limitado y completa toda su maduración en el brazo invadido, haciendo que ambos seres conserven su intelecto y personalidad separada.

 La historia es protagonizada por Light Yagami, un estudiante sobresaliente de Japón que tiene una perspectiva "aburrida" de la vida y quien, casi al acabar el primer capítulo, empieza a considerar el mundo como un lugar "podrido". Su vida sufre un cambio radical, cuando encuentra un extraño cuaderno sobrenatural llamado «Death Note», tendido en el suelo.​ Detrás de la portada de dicho cuaderno había instrucciones sobre su uso, donde decía que si se escribía el nombre de una persona y se visualizaba mentalmente el rostro de esta, moriría de un ataque al corazón.​ Al principio, Light desconfiaba de la autenticidad del cuaderno, pero dado a que él mismo se considera "terco", después de probarlo en dos ocasiones, se da cuenta de que su poder era real.​