Una vez el prospero hogar del gigante farmacéutico Umbrella Corporation, Raccoon City es ahora un moribundo pueblo del medio oeste. El éxodo de la compañía dejó a la ciudad como un páramo desolado... con un gran mal amenazando bajo la superficie. Cuando ese mal es liberado, los habitantes se ven para siempre... cambiados... y un pequeño grupo de sobrevivientes debe trabajar junto para descubrir la verdad detrás de Umbrella y lograr pasar la noche.

Siguiendo los hechos de The Matrix: Reloaded, se muestra a la flota de Sion destruida casi por completo (sólo quedan dos naves, la Hammer y la Logos), Neo (Keanu Reeves) en un estado de coma y el agente Smith (Hugo Weaving) adueñado del cuerpo de Bane (Ian Bliss) aparentemente también. La tripulación de Nabucodonosor rescata a Neo del letargo en el que se encuentra, similar a una conexión a Matrix, pero sin cables. La tripulación del Hammer, al mando de Roland, se muestra a la espera de la nave Logos, y extrañados tanto de la supervivencia de Bane como de las acciones de Neo, que no habían llevado al final de la guerra como se esperaba. Link al rato contesta una llamada de Seraph (Collin Chou) quien enviado por el Oráculo solicita ver a Trinity (Carrie-Anne Moss) y Morfeo (Laurence Fishburne).

La película comienza por mostrar a Trinity, quien está realizando una misión en la cual es asesinada por uno de los agentes quien esta persiguiéndola. Pero resulta que es una pesadilla de Neo que no deja de repetirse y que este decide no compartir con Trinity. Seis meses después de los hechos de la primera película, los tripulantes de la Nebuchadnezzar (Nabucodonosor) llegan al nivel de transmisión para entrar en Matrix y celebrar una reunión con capitanes de las otras naves. Los rebeldes de Sion, la última ciudad humana, han recibido inquietantes noticias: las máquinas tratan de penetrar en la ciudad subterránea perforando el subsuelo (se explica en The Last Flight of the Osiris, de The Animatrix y en Enter the Matrix). Han reunido un ejército de 250.000 centinelas dispuestos a destruir Sion y acabar con lo que queda de la humanidad libre.

Después de que la identidad de Peter Parker como Spider-Man es expuesta por Mysterio al final de Spider-Man: Lejos de casa, la vida y la reputación de Parker son puestas patas arriba. Para arreglar este asunto, Peter decide contactar al Dr. Stephen Strange para que este lo ayude a restaurar su antigua identidad secreta con magia, pero a raíz de esto, algo sale terriblemente mal en el encantamiento y provoca una fractura en el multiverso, causando que cinco supervillanos de otras realidades alternas (que previamente han luchado contra un Spider-Man en sus respectivas dimensiones) ingresen a su universo.​

Thomas Anderson  es programador informático de día y un hacker llamado Neo de noche. Lleva toda su vida intuyendo que hay algo más, que hay algo que falla y esa duda se ve reafirmada con un mensaje recibido en su ordenador: «Matrix te posee». Así, Neo comienza la búsqueda desesperada de una persona de la que solo ha oído hablar: otro hacker llamado Morfeo, alguien que puede darle la respuesta a las preguntas que persigue: ¿Qué es Matrix? y ¿por qué lo posee a él?​ Morfeo y su equipo, al darse cuenta de que sus enemigos están buscando a Neo, deciden entrar en contacto con él. La hacker Trinity, amiga de Morfeo, lo conduce hasta él y la respuesta que busca. Pero para obtenerla debe renunciar a su vida anterior y a todo lo que había conocido antes. El símbolo de dicho proceso es aceptar tomar una píldora roja; en cambio, la píldora azul podría devolverlo a su mundo actual sin que, aparentemente, nada de lo que está sucediendo hubiera pasado. Neo acepta tomar la pastilla roja, olvidar su vida y todo lo que conoce para descubrir ¿Qué es Matrix?.

Esta película sigue la historia de una madre y su hija que, al vivir en una casa muy alejada del resto de la civilización en el medio de lo que parece ser un bosque, comienzan a ser aterrorizadas por un intruso en su propia casa. A raíz de esta no esperada ni deseada visita, los instintos maternos de Kate tendrán que ponerse a prueba para poder proteger a su hija de quien parece querer llevársela.

Basándose en una historia real, cinco graduados universitarios deciden que la mejor manera de vengarse de la economía injusta y vivir la vida que siempre han querido es robar a los más ricos de Chicago y entregarse a sí mismos.

Gojo es un estudiante de preparatoria/instituto que quiere convertirse en kashiragi, un maestro del tradicional arte de crear muñecas Hina. Aunque adora ese arte, no sabe nada de las últimas tendencias y eso hace que le cueste encajar con sus compañeros de clase. Los más populares de la clase, en especial una chica llamada Marin Kitagawa, parecen creer que él vive en un mundo aparte. Todo esto cambia por completo un día cuando Marin comparte un secreto inesperado con él y hace que sus dos mundos coincidan.