Thomas Anderson  es programador informático de día y un hacker llamado Neo de noche. Lleva toda su vida intuyendo que hay algo más, que hay algo que falla y esa duda se ve reafirmada con un mensaje recibido en su ordenador: «Matrix te posee». Así, Neo comienza la búsqueda desesperada de una persona de la que solo ha oído hablar: otro hacker llamado Morfeo, alguien que puede darle la respuesta a las preguntas que persigue: ¿Qué es Matrix? y ¿por qué lo posee a él?​ Morfeo y su equipo, al darse cuenta de que sus enemigos están buscando a Neo, deciden entrar en contacto con él. La hacker Trinity, amiga de Morfeo, lo conduce hasta él y la respuesta que busca. Pero para obtenerla debe renunciar a su vida anterior y a todo lo que había conocido antes. El símbolo de dicho proceso es aceptar tomar una píldora roja; en cambio, la píldora azul podría devolverlo a su mundo actual sin que, aparentemente, nada de lo que está sucediendo hubiera pasado. Neo acepta tomar la pastilla roja, olvidar su vida y todo lo que conoce para descubrir ¿Qué es Matrix?.